মালেগাঁও বিস্ফোরণ কান্ডে এনআইএ’র বিশেষ আদালতের রায় নিয়ে তীব্র ক্ষোভ জানালো সিপিআই(এম) পলিটব্যুরো। বিবৃতিতে বলা হয়েছে, ‘অভিযুক্তরা ধারাবাহিক ভাবে আরএসএস বিজেপির সমর্থন এবং সহযোগীতা পেয়ে গিয়েছেন। অন্যতম অভিযুক্ত প্রজ্ঞা সিং ঠকুরকে বিজেপি লোকসভা নির্বাচনে প্রার্থী করেছে এবং সাংসদ হিসাবে তিনি নির্বাচিত হয়েছেন। গতকালই সংসদে স্বরাষ্ট্রমন্ত্রী বলেছিলেন কোন হিন্দু সন্ত্রাসবাদী হতে পারেন না। ঘটনা হলো, তার পর দিনই মালেগাঁও মামলায় এই সন্ত্রাসবাদীদের ছাড়ের রায় দেওয়া হয়েছে।’  
বিবৃতিতে পলিটব্যুরোর পক্ষ থেকে বলা হয়েছে, ‘মালেগাঁও বিস্ফোরণ ঘটনায় এনআইএ বিশেষ আদালত যেই রাব দিয়েছে তাতে সিপিআই(এম) পলিটব্যুরো তীব্র ক্ষোভ জানাচ্ছে। দীর্ঘ ১৭ বছর পর আদালত তার রায় ঘোষণা করলো, সেখানে দেখা গেলো প্রমাণের অভাবে অভিযুক্তরা বেকসুর খালাস পেয়ে গেলো।’
পলিটব্যুরো বলেছে, ‘এই ঘটনার ফলে ছয় জন নাগরিকের মৃত্যু হয়েছে। ১০০ জনের বেশি মানুষ আহত হন। এই ঘটনায় সাতজন অভিযুক্তের মধ্যে অন্যতম দুজন হলেন প্রাক্তন বিজেপি সাংসদ প্রজ্ঞা সিং ঠাকুর এবং প্রাক্তন সেনা আধিকারিক প্রসাদ পুরোহিত। সব অভিযুক্তরা প্রমাণের অভাবে নির্দোষ প্রমানিত হয়েছেন।’
পলিটব্যুরো বলেছে, লক্ষ্যণীয় যে বিভিন্ন প্রতিবেদনে বলা হয়েছে জাতীয় তদন্ত সংস্থা দোষীদের উচিত শাস্তির চেয়ে আদালতে সওয়াল করেছিল। এনআইএ নথি জমা দিয়ে দেখিয়েছিল যে এই ষড়যন্ত্রকারিরা মুসলিম অংশের মধ্যে আতঙ্ক ছড়ানো, জরুরী পরিষেবাকে ব্যহত করা এবং রাজ্যের অভ্যন্তরিন সুরক্ষাকে বিপদের মুখে ফেলেছিল। অকারণ বিলম্ব এবং তার ফলে ন্যায় বিচার প্রত্যাখান করার আর একটি ঘটনা হয়ে রইলো এই মামলা। উগ্র-হিন্দুত্ববাদী গোষ্ঠীর সন্ত্রাসবাদী কার্যকলাপের শিকার নিহত এবং আহতেরা বিচার পেলেন না।  
অপরাধের গুরুত্ব বিবেচনায় রেখে সিপিআই(এম)’এর দাবি সরকারকে এনআইএ আদালতের সিদ্ধান্তের বিরুদ্ধে আবেদন জানাতে হবে।