মুখ্য নির্বাচন কমিশনার জ্ঞানেশ কুমারকে ঘিরে ওঠা অভিযোগের মামলায় সংবাদপত্রের প্রতিবেদনের ভিত্তিতে সরাসরি কোনও নির্দেশ দিতে রাজি হল না সুপ্রিম কোর্ট। আদালতের পর্যবেক্ষণ, শুধুমাত্র সংবাদপত্রে প্রকাশিত প্রতিবেদনের ভিত্তিতে কোনও আদেশ দেওয়া সম্ভব নয়। এ ক্ষেত্রে আগে নির্বাচন কমিশনের বক্তব্য ও জবাব জানা প্রয়োজন। 
জ্ঞানেশ কুমারের বিরুদ্ধে একাধিক অভিযোগ তুলে সুপ্রিম কোর্টে একটি আবেদন করা হয়েছে। ওই আবেদনে নির্বাচন কমিশনের অভ্যন্তরে সিদ্ধান্ত গ্রহণের প্রক্রিয়া এবং ভোটার তালিকা সংশোধন সংক্রান্ত বিভিন্ন পদক্ষেপ নিয়ে প্রশ্ন তোলা হয়েছে। আবেদনের ভিত্তি হিসেবে একটি সংবাদপত্রের প্রতিবেদনও উল্লেখ করা হয়েছে। 
২০২৫ সালের জুনে বিহার থেকে শুরু হওয়া এসআইআর পরবর্তীতে দেশের ৩০টি রাজ্য ও কেন্দ্রশাসিত অঞ্চলে বিস্তৃত হয়েছে এবং খসড়া ভোটার তালিকা থেকে ১৩ কোটিরও বেশি নাম বাদ পড়েছে। দ্য ইন্ডিয়ান এক্সপ্রেসের সাম্প্রতিক এক অনুসন্ধানী প্রতিবেদনে বলা হয়েছে, গত ১০ মাসে নির্বাচন কমিশনের দুই সদস্য সুখবীর সিং সান্ধু ও বিবেক যোশী এসআইআর এবং ভোটার-তালিকা সংক্রান্ত বিভিন্ন সিদ্ধান্ত নিয়ে অন্তত ১৪ বার নথিভুক্ত আপত্তি জানিয়েছিলেন।
ওই প্রতিবেদন প্রকাশের পরেই বিরোধী দলগুলির পক্ষ থেকে নির্বাচন কমিশনের অভ্যন্তরীণ কাজকর্ম নিয়ে নতুন করে প্রশ্ন তোলা হয়। সিপিআই(এম), সিপিআই এবং সিপিআই(এমএল)-লিবারেশন জ্ঞানেশ কুমারের অপসারণ এবং এসআইআর অবিলম্বে বন্ধ করার দাবি জানিয়েছে।
অন্যদিকে, নির্বাচন কমিশন অভিযোগগুলি মানেনি। ২৩ সেপ্টেম্বর কমিশনের পক্ষ থেকে জানানো হয়, এসআইআর-সহ কমিশনের সমস্ত সিদ্ধান্ত পূর্ণ কমিশনের সর্বসম্মত সিদ্ধান্ত। অর্থাৎ কোনও একজন কমিশনার একতরফাভাবে সিদ্ধান্ত নিয়েছেন এই অভিযোগকে কমিশন অস্বীকার করেছে। তবে দুই নির্বাচন কমিশনারের চিঠি এবং তার বিষয় নিয়ে প্রতিবেদনে যা বলা হয়েছিল তাকে অস্বীকারও করতে পারেনি।
এসআইআর নিয়ে আইনি বিতর্কও আদালত পর্যন্ত গড়িয়েছে। ২০২৬ সালের মে মাসে সুপ্রিম কোর্ট বিহারের এসআইআর-এর আইনি বৈধতা বহাল রাখলেও ভোটার তালিকা থেকে বাদ পড়া ব্যক্তিদের বিষয়ে গুরুত্বপূর্ণ নির্দেশ দেয়। আদালত স্পষ্ট করে যে ভোটার তালিকা থেকে কোনও ব্যক্তির নাম বাদ পড়ার ভিত্তিতে তাঁকে ভারতীয় নাগরিক নন বলে ঘোষণা করা যায় না।