কেন্দ্রীয় গোয়েন্দা সংস্থাগুলিকে অপব্যবহার করা হচ্ছে বিরোধীদের বিরুদ্ধে, এই অভিযোগে প্রধানমন্ত্রীকে চিঠি দিলেন বিরোধী নেতারা। চিঠিতে আরও অভিযোগ করা হয়েছে, যেই কাজের জন্য বিরোধী দলের নেতাদের কেন্দ্রীয় সংস্থা দিয়ে হেনস্থা করা হচ্ছে সেই একই কাজের অভিযোগ থাকা সত্বেও বিজেপি নেতারা ছাড় পেয়ে যাচ্ছেন।
ভারত রাষ্ট্র সমিতি প্রধান চন্দ্রশেখর রাও, জম্মু কাশ্মীর ন্যাশনাল কনফারেন্স প্রধান ফারুক আব্দুল্লাহ, ন্যাশনালিস্ট কংগ্রেস পার্টির শরদ পাওয়ার, শিবসেনার উদ্ধব থ্যাকারে গোষ্ঠী প্রমুখ কেন্দ্রীয় সংস্থাকে অপব্যবহার বিষয়ে উদ্বেগ প্রকাশ করেছেন চিঠিতে। 
চিঠিতে উল্লেখ করা হয়েছে, ২০১৪ সালে বিজেপি কেন্দ্রে আসার পর থেকেই কেন্দ্রীয় সংস্থা দিয়ে বিরোধী নেতাদের গ্রেপ্তার, হেনস্থা একনাগাড়ে বেড়েছে।

অন্যদল থেকে বিজেপিতে যোগদানকারী রাজনীতিকদের বিরুদ্ধে তদন্ত সংস্থাগুলি ধীর গতিতে তদন্ত চালাচ্ছে উল্লেখ করে তারা বলেছেন, ‘‘উদাহরণস্বরূপ, প্রাক্তন কংগ্রেস সদস্য এবং আসামের বর্তমান মুখ্যমন্ত্রী হিমন্ত বিশ্ব শর্মা সারদার বিরুদ্ধে চিট ফান্ড কেলেঙ্কারি নিয়ে ২০১৪ এবং ২০১৫ সালে সিবিআই এবং ইডি দ্বারা তদন্ত শুরু করা হয়েছিল।কিন্তু তিনি বিজেপিতে যোগদানের পর মামলার অগ্রগতি হয়নি। একইভাবে, প্রাক্তন তৃণমূল নেতা শুভেন্দু অধিকারী এবং মুকুল রায় নারদা স্টিং অপারেশন মামলায় ইডি এবং সিবিআই স্ক্যানারে থাকলেও, কিন্তু রাজ্যের বিধানসভা নির্বাচনের আগে তারা বিজেপিতে যোগ দেওয়ার পরে মামলাগুলি ঠান্ডা ঘরে পাঠিয়ে দেোবা হয়েছে। মহারাষ্ট্রের শ্রী নারায়ণ রানে সহ এরকম অনেক উদাহরণ রয়েছে।’’

সারা দেশে রাজ্যপালদের দিয়ে রাজ্যের শাসনকে বাধাগ্রস্ত করে তোলার অভিযোগও করা হয়েছে, ‘‘তারা ইচ্ছাকৃতভাবে গণতান্ত্রিকভাবে নির্বাচিত রাজ্য সরকারগুলিকে দুর্বল করছে এবং তাদের ইচ্ছা অনুযায়ী শাসনব্যবস্থাকে বাধা দিচ্ছে। তামিলনাড়ু, মহারাষ্ট্র, পশ্চিমবঙ্গ, পাঞ্জাব, তেলেঙ্গানা বা দিল্লির লেফটেন্যান্ট গভর্নরই হোক না কেন, রাজ্যপালরা অ-বিজেপি সরকারগুলি দ্বারা পরিচালিত কেন্দ্র ও রাজ্যগুলির মধ্যে বিস্তৃত বিভেদের মুখ হয়ে উঠেছেন। যুক্তরাষ্ট্রীয় কাঠামোকে চ্যালেঞ্জের মুখে ফেলছেন রাজ্যপালরা।’’